Le nouveau millésime du guide CIR est sorti le 30 octobre

Si ce guide n’a aucune valeur légale, il présente les attentes du MESR et demeure une base largement utilisée par les experts et vérificateurs du CIR lors des contrôles fiscaux. Les ajustements opérés sur les dépenses éligibles, issues de la loi de finances 2025 sont les ajouts attendus. D’autres retouches ont cependant été faites.

Source : guide-du-cir-2025-38191.pdf

Un ajout majeur, est la partie relative aux activités indispensables à la réalisation d’une opération R&D page 10. Que dit-elle ?

Le guide rappelle que « dès lors qu’une opération est qualifiée de R&D, le BOFIP indique que l’ensemble des travaux scientifiques et techniques indispensables à sa réalisation est considéré comme de la R&D, y compris dans le cas où ces travaux scientifiques et techniques, s’ils étaient pris isolément, ne constitueraient pas de la R&D. »

Sont considérées comme indispensables, selon le guide, les activités scientifiques et techniques qui participent à la création de connaissances et qui sont réalisées par des personnels de recherche. Quatre conditions cumulatives sont demandées, non présentes dans la loi ni dans le BOFIP :

• l’activité doit être réalisée dans le cadre d’une opération répondant aux critères de la R&D ;
• l’objet de cette activité est en lien direct avec l’objet de la recherche menée dans le cadre de cette opération ;
• l’activité doit être réalisée par une personne ou une équipe qui présente des qualifications techniques pour comprendre et/ou mener celle-ci ;
• le résultat de cette activité n’existe pas par ailleurs ou n’est pas accessible.

Cinq exemples sont ensuite apportés.

Notons qu’il est dommageable que le guide demande que les activités indispensables soient réalisées par du personnel interne, alors que la jurisprudence depuis l’arrêt du Conseil d’Etat FNAMS (22/07/2020, n°428127) considère que les activités confiées et indispensables à l’opération de R&D doivent être elles aussi éligibles.

De même pour la nécessité que la tâche indispensable soit réalisée par des personnes qui présentent des qualifications techniques, alors que des contributions indispensables menées par du personnel non technique ont déjà été acceptées par les juges et que ce critère peut porter à questionnement sur ce que recouvrent les qualifications techniques nécessaires.

Sur les recherches cliniques :

• le guide précise que les mêmes règles s’appliquent aux essais en pharmacie animale, qu’en pharmacie humaine (p.12)
• page 14, le paragraphe suivant a été supprimé, mais il va de soi qu’il s’applique à toute activité éligible :

• page 14 encore, le tableau ci-dessous précisant les fonctions éligibles en recherche clinique a été retiré :

Concernant l’agrément des sociétés menant des activités en recherche clinique, page 60, un passage a été retiré :

Tandis que p.62 une section a été ajoutée sur les attendus de la démarche d’agrément pour les sociétés de ce secteur.

Pages 14 et 15, la section sur les activités informatiques a été remaniée :

• L’introduction insiste toujours sur la nécessité d’une démarche de recherche pour que soit éligible l’opération informatique, et que pour chaque catégorie décrite ci-dessous soit justifiés en détail les verrous scientifiques et techniques, l’objectif scientifique poursuivi, la nouveauté technique ou méthodologique obtenue ainsi que les protocoles expérimentaux et validations réalisées.
• Quatre catégories d’opérations éligibles sont décrites, au lieu de trois dans la version 2024. La description de la documentation justificative attendue a été étoffée par rapport au guide précédent pour les trois premières :
• la création ou amélioration d’une méthode, d’un algorithme ou d’un protocole.
• la formalisation ou adaptation d’une méthodologie originale 
• l’application innovante de concepts scientifiques récents ou émergents
• la mise en place d’expérimentations ou de prototypes : catégorie ajoutée, « il s’agit de développer et mettre en œuvre des prototypes et maquettes pour tester et mesurer des avancées scientifiques ou techniques, avec des protocoles expérimentaux clairement définis (jeux de données, scénarios de test, critères de performance) et une documentation des résultats pour valider l’apport R&D. »
• Les 12 remarques relatives au secteur informatique ont été remplacées et synthétisées dans huit paragraphes.

Autres changements dans le corps principal du guide :

Page 23, citant les personnels R&D éligibles de manière générale, le guide parle étonnamment de techniciens de laboratoires, au lieu de techniciens de recherche dans la version précédente du guide.

La page 24 rappelle que les salariés portés peuvent être éligibles, faisant suite à un rescrit publié sur le Bofip le 24/10/2024.

Page 56, les précisions de rigueur sur les taux de dépenses de R&D des JEI et JEC ont été apportées :

La partie relative à l’agrément p.58 a été refondue pour tenir compte du nouveau process d’agrément mis en ligné début juillet sur le site du MESR (application CIROCO dédiée aux agréments)

2024 :

• :

• Page 59, du fait de l’application CIROCO, l’option d’envoi par clé usb en cas de non-fonctionnalité du site du MESR a été retirée.
• Pages 60 à 62, un nouveau formalisme pour la description de l’opération de recherche est demandé dans le cadre de l’agrément :

Dans les annexes, relativement au dossier justificatif, il est rappelé p.70 que le dossier soit bien décomposé en opérations de R&D :

Les préconisations en vigueur pour différencier une opération au sens du CIR et un projet commercial ont été revues, p.70 et 71 :

2024 :

2025 :

Pages 71 à 73, un nouveau format de fiche technique CIR est recommandé par le guide. Le raccourcissement des fiches, observé dans les contrôles fiscaux, est bien acté ici, puisqu’il est demandé que les fiches ne dépassent pas 10 pages par opération éligible. Alors qu’il est toujours requis qu’il y ait adéquation entre le temps déclaré et l’activité décrite.

Le plan de la fiche technique, réorganisé, est repris ci-dessous, avec notamment la demande d’une analyse critique de l’état de l’art qui conduit à une prise de risque (partie 2), la démarche scientifique vient avec les travaux réalisés (partie 3), tandis que les résultats sont fusionnés avec l’acquisition de connaissances (partie 4) :

Dans les ressources, le guide insiste plus sur la nécessité de décrire d’une part la contribution des sous-traitants privés ou partenaires publics, et d’autre part le caractère indispensable de celles-ci pour l’opération.