Le Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI) a publié le 27 Novembre 2020 son guide du crédit impôt recherche (CIR) 2020 [1]. Ce document – qui n’est pas opposable au contribuable, rappelons-le – constitue tout de même un bon outil quant aux positions du MESRI sur le dispositif.

Cette année, 3 versions du guide sont disponibles :

  • La version 2020 ;
  • Le focus Agrément 2020, axé sur la procédure du même nom ;
  • Le focus Contrôle 2020, axé sur les modalités du contrôle.

A noter que le MESRI avait lancé en Mai 2020 une vaste consultation publique des acteurs du CIR sur le guide 2019 dans le but de faire évoluer la prochaine itération et d’en améliorer la mise en œuvre et la compréhension. A-t-il tenu compte des nombreuses remontées terrain (200 contributions, dont celles de Wavestone et de nos confrères) qui lui ont été communiquées ? La réponse est : partiellement et de manière limitée ; même si le MESRI se réserve la possibilité d’intégrer d’autres points dans les prochaines publications de son guide. Les évolutions que nous avons relevées sont discutées ci-après.

1°) Recherche éligible

Notion de verrou scientifique, quid de la recherche fondamentale ?

Le guide réintroduit la notion de « verrous scientifiques » à lever (et non plus de « difficultés »), découlant des insuffisances de l’état de l’art, dans le cadre d’activités de R&D, sans changer le fait que la R&D s’inscrit comme un sous-ensemble des activités d’innovation des entreprises. Il focalise ensuite le fait qu’une « opération de R&D » vise à résoudre un verrou nettement individualisé. Cette notion était absente de l’édition 2019.

Une clarification qui limite le champ de la recherche à la seule résolution d’une problématique et pourrait laisser penser que la simple observation de faits nouveaux fondamentaux ne s’inscrit plus dans le cadre du CIR.

Domaine de la pharmacie humaine et animale, un assouplissement sur le post-AMM.

Le MESRI précise cette année, que bien que les essais cliniques de phase I à III peuvent être considérés comme de la R&D, il est important de distinguer le projet de recherche (augmentation des connaissances), du projet commercial (mise sur le marché d’un nouveau thérapeutique). Cette distinction est faite pour ségréger les coûts R&D des coûts de communication, de commerce et de marketing.

Une évolution à saluer concerne un assouplissement concernant l’éligibilité potentielle des projets post-AMM, particulièrement en pharmacie vétérinaire, en se réalignant sur la position de l’administration fiscale ; ce qui laisse la possibilité de présenter de tels projets sous réserve qu’ils atteignent les critères d’éligibilité et de ne retenir que les coûts des étapes essentielles aux investigations scientifiques.

On regrettera, comme dans les itérations précédentes, l’absence de positionnement clair sur le domaine des dispositifs médicaux.

Domaine de l’enseignement supérieur et de la recherche privée

Bien qu’il s’agisse d’une nouvelle section du guide, elle n’est pas vraiment nouvelle, car elle faisait déjà l’objet d’une fiche justificative descriptive d’opération de R&D effectuée par un établissement privé de l’enseignement supérieur.

Domaine de l’architecture

Parmi les nouveautés en matière de domaines éligibles, le MESRI se prononce sur les opérations de R&D liées aux projets d’architecture portés par des cabinets d’architectes. Le MESRI précise par exemple que les problématiques R&D ne sont pas uniquement liées aux matériaux et produits, mais peuvent être de portée plus large sans préciser plus en détail ce qu’il entend par là. Des indicateurs de R&D spécifiques à la profession ont été également précisés dans cette version.

Frontières du développement expérimental

Une seule évolution notable dans cette section qui concerne le prototypage logiciel : le MESRI précise que dans le cas particulier du versioning logiciel, ceci peut s’apparenter à du prototypage, mais que ce n’est pas synonyme de travail éligible au CIR.

2°) Dépenses éligibles

Dépenses de personnel

Le MESRI ajoute quelques précisions sur certaines indemnités et accessoires de rémunération du personnel de recherche dans ce millésime 2020.

En premier lieu, il exclut le versement d’indemnité de licenciement ou de rupture conventionnelle, rejoignant ainsi l’administration fiscale : mais ne mentionne pas sa position sur le cas d’autres indemnités, telles que le départ à la retraite.

Une prise de position intéressante concerne l’attribution d’actions gratuites et d’options d’actions qui constitueraient des compléments de rémunération pour le personnel bénéficiaire. Le MESRI précise que si l’entreprise constate une moins-value déductible du résultat imposable, cette charge peut être comprise dans l’assiette du CIR.

Dépenses de sous-traitance R&D

C’est l’un des points majeurs sur lequel le guide était attendu. Force est de constater que malgré une actualité jurisprudentielle importante, les principales prises de position récentes du Conseil d’Etat ont été ignorées dans la version 2020 du guide.

En effet, le MESRI précise que « une prestation sous-traitée qui n’est pas de la R&D n’est pas éligible au CIR même si elle est indispensable à la réalisation d’une opération de R&D du donneur d’ordre ». Un point pourtant contredit cet été par le Conseil d’Etat dans son arrêt 428127 (Conseil d’État, 9ème – 10ème chambres réunies, 22/07/2020, société FNAMS) [2] qui reconnaît la nécessité d’évaluer l’éligibilité de telles opérations au niveau du donneur d’ordres et dans le contexte global du projet et non au seul niveau du sous-traitant et sur la nature seule de l’opération ; une position déjà analysée par nos experts [3].

De même, le Conseil d’Etat s’est récemment prononcé sur la déduction des sommes perçues par les sous-traitants agréés au CIR de la part de leurs donneurs d’ordres Français de leur propre CIR (arrêt 440523 du 09/09/20, société Takima [4]) et en a clarifié les modalités. En synthèse, le Conseil d’Etat précise que les sous-traitants agréés ne peuvent pas présenter des projets effectués pour le compte de leurs donneurs d’ordres français pour le calcul de leur propre crédit d’impôt, et n’ont pas à déduire non plus les sommes perçues de leur assiette (notre analyse [5]). Une position dont n’a pas tenu compte le MESRI qui précise qu’il est nécessaire de déduire les sommes perçues par ces sous-traitants de leur propre base de calcul.

Enfin, sur ce volet de sous-traitance, nous notons également que le MESRI campe sur ses positions de rejeter la sous-traitance capacitaire et la régie dans la continuité de l’itération 2019 du guide. Une position contestable avec nos retours d’expérience de contrôle qui démontrent que ce type de sous-traitance est valorisable à condition d’appliquer un certain nombre de prérequis : que le prestataire appartienne à une société agréée au CIR, qu’il soit affecté à un projet de R&D (exclusivement ou partiellement), que le temps des ingénieurs et techniciens de ce prestataire soit suivi dans une ligne de temps globale dédiée R&D afin de discriminer les activités hors R&D, de rédiger un argumentaire dédié précisant la nature des missions R&D qui sont confiées aux prestataires en régie.

Le guide 2020 donne également des précisions qui limitent fortement la sous-traitance en cascade, comme la loi l’impose depuis 2020.

3°) Agrément

Cette année, le MESRI a créé un guide dédié « Focus agrément » CIR, pour les sociétés souhaitant en faire la demande. L’évolution notable se place principalement au niveau de la procédure de dépôt. Celle-ci impose désormais une formalisation du dossier sous format électronique uniquement avec un recours prioritaire à la téléprocédure, plutôt qu’aux supports numériques de type clé USB.

Faut-il y voir les conséquences de la pandémie de COVID-19 ? Celle-ci avait déjà significativement impacté la permanence téléphonique de la cellule en charge des agréments au MESRI.

4°) Contrôle

Cette année, le MESRI a créé également un guide dédié « Focus contrôle » CIR, reprenant les points dédiés au contrôle, sans modification notable.

Les experts Wavestone sont à votre écoute pour toute interprétation sur ces sujets.

Sources :

[1] Guide du CIR 2020, MESRI : https://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid114521/guide-du-credit-d-impot-recherche-2017.html

[2] Conseil d’État, 9ème – 10ème chambres réunies, 22/07/2020, 428127 : https://www.legifrance.gouv.fr/ceta/id/CETATEXT000042143094/

[3] [CIR] Activités sous-traitées nécessaires à un projet : le Conseil d’Etat tranche en faveur de leur éligibilité http://www.financeinnovation.fr/2020/07/24/cir-activites-sous-traitees-necessaires-a-un-projet-le-conseil-detat-tranche-en-faveur-de-leur-eligibilite/

[4] Conseil d’État, 8ème – 3ème chambres réunies, 09/09/2020, 440523 https://www.legifrance.gouv.fr/ceta/id/CETATEXT000042322411/

[5] [CIR] Sous-traitants agréés : nouvelle modalité de déclaration pour les travaux confiés http://www.financeinnovation.fr/2020/09/16/cir-sous-traitants-agrees-nouvelle-modalite-de-declaration-pour-les-travaux-confies/

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