[CIR] Sous-traitants agréés : nouvelle modalité de déclaration pour les travaux confiés

Le Conseil d’Etat a statué le 9 septembre sur la façon dont les sociétés et experts agréées doivent déclarer les travaux R&D qu’ils refacturent à des tiers.
Que disent les textes ?
Alors que la loi stipule que sont déduites des bases de calcul du CIR les sommes reçues par les organismes ou experts agréés et « publics » pour le calcul de leur propre crédit d’impôt (III de l’article 244 quater B du Code Général des Impôts), l’administration fiscale, dans le BOFIP (§220 du BOI-BIC-RICI-10-10-20-30), affirme que « l’organisme agréé doit alors déduire de la base de calcul de son propre crédit d’impôt recherche les sommes reçues des organismes pour lesquels les opérations de recherche sont réalisées et facturées », dans le but d’éviter une double prise en compte d’une même dépense chez le donneur d’ordre et chez le prestataire.
Dans une réponse ministérielle publiée le 22/01/2015 à la question écrite n° 12039 de M. Louis Pinton, le Ministère des finances et des comptes publics soutenait qu’un organisme agréé devait déduire de son CIR les dépenses de R&D facturées à des tiers.
Que dit l’arrêt du Conseil d’Etat ?
Le Conseil d’Etat apporte des clarifications sur le sens et l’interprétation qu’il convient d’apporter à la loi : selon la haute juridiction, la loi interdit aux organismes agréés d’inclure dans leur CIR les dépenses exposées pour le compte de tiers. Elle ne saurait être lue comme imposant à ces organismes de recherche de déduire de leur CIR la fraction des sommes facturées à des donneurs d’ordre pour la réalisation d’opérations de recherche pour le compte de ces derniers qui excèderait le montant des dépenses de recherche éligibles afférentes à ces mêmes opérations.
Quelles conséquences ?
Par le passé, les sociétés agréées devaient bien souvent valoriser les travaux R&D qu’elles réalisaient et déduire le montant facturé, qui comprenait la marge. Par exemple, pour des coûts internes de 1 000 €, la facturation de la prestation pouvait être de 1 100 €, ce qui entrainait un delta négatif de 100 € dans ce cas précis. Avec cette décision du Conseil d’Etat, les sociétés agréées n’auront donc plus à déclarer les travaux réalisés pour le compte de tiers, ce qui ne les pénalisera pas à travers la déduction du montant facturé. Cette sécurisation pourrait pousser certaines sociétés à redemander un agrément pour lequel elles avaient pu demander l’abrogation par le passé du fait de la pénalité qui en découlait. (arrêt du Conseil d’Etat n°440523, du 09/09/20, société Takima )